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自然》子刊:分析了 4 万人基因数据,科学家发现延缓阿尔兹海默病发生的重要基因!
人阅读 发布时间:2017-06-28 11:53
上周,由华盛顿大学 Kuan-lin Huang 博士和西奈山伊坎医学院 Edoardo Marcora 博士领衔的一项关于阿尔兹海默病(Alzheimer's disease,AD)的重磅研究刊登在了著名期刊《自然神经学》上 [1]。
Huang 博士和 Marcora 博士从基因组层面,给 4 万多人做了生存分析(survival analysis,一种研究个体存活概率与时间之间的关系的分析方法),发现一个叫做 PU.1 蛋白的低表达,竟然可以延缓 AD 的发病时间。
这就厉害了!
要知道,仅在 1998 到 2015 年之间,各大药企共推出了 123 种治疗 AD 的药物 [2],其中仅有三种药物加一种联合治疗方案先后获得 FDA 的上市批准。然而,无一例外的是,这 123 种药物没有一种能够治愈 AD,甚至连延缓疾病进程都做不到。即使是获得 FDA 批准的治疗方案,也仅起到缓解部分症状的作用。
Kuan-lin Huang 博士
波士顿布列根和妇女医院的 Oleg Butovsky 教授对这项研究给予了高度的评价:“这项研究的最大兴奋之处在于,PU.1 可以调节与 AD 有关的多种基因!”[3]
目前,科学家们已经通过全基因组关联研究(GWAS),确定了多个与 AD 风险相关的基因座 [4,5]。其中有一些基因与 AD 的发病年龄有关,如载脂蛋白 E(ApoE)基因。但是,由于他们采用的都是 AD 患者的基因组数据,对于大多数基因座,科学家们还不知道哪种基因会增加或降低 AD 的风险,这些基因与 AD 发病之间的确切关系还有待研究。
为了回答这些问题,研究人员从国际阿尔茨海默病基因项目组(IGAP)联盟中,获得了 14406 份 AD 基因组数据和 25849 份无病对照基因组数据,分析了 800 多万个单核苷酸多态性(SNPs,基因组 DNA 序列中由于单个核苷酸的突变而引起的多态性)。
他们试图找出这些 SNPs 与 AD 发病年龄之间的任何关联。之所以要测试这么多无病对照基因组数据,研究人员是希望能够找到 AD 的保护性基因,因为无病的人群中相关的保护性基因可能会增加。
功夫不负有心人,他们找到了 22 个与 AD 相关的基因座,包括 8 个已有报道的 AD 风险相关基因座、14 个新发现的与 AD 发病年龄相关的基因座。
22 个与 AD 相关的基因座,包括已有报道的 8 个和新发现的 14 个
为了进一步验证这 22 个基因座与 AD 发病年龄之间的关系,研究人员把这 22 个基因座与脑脊液中β- 淀粉样蛋白、tau 蛋白的相关性进行比较。他们发现了有趣的现象:除了靠近 ApoE 基因的 SNP 与β- 淀粉样蛋白、tau 蛋白相关性较高外,另外的 21 个基因座中,只有位于 SPI1 基因座的 SNP(rs1057233)与β- 淀粉样蛋白有显著的相关性。
在先前的研究中,科学家们已经证实 SPI1 的功能是编码一种调节蛋白 PU.1,PU.1 与骨髓细胞增殖与分化相关 [6,7]。这不禁让研究人员陷入了沉思,AD 这种发生在大脑中的疾病,跟骨髓细胞能有什么关系呢?
本文的通讯作者,来自西奈山伊坎医学院的 Alison Goate 教授指出,已经有研究表明骨髓细胞的一员,单核细胞(可以分化成巨噬细胞,而脑部的巨噬细胞有一个特殊的名字,叫小胶质细胞)有很多 AD 风险相关基因的表达 [8]。因此,或许可以把眼光放宽一些,除了脑细胞,还应该从别的细胞中找到与 AD 风险相关的基因表达差异。
Alison Goate 教授
姜果然是老的辣!研究人员分析了 220 个细胞类型中 AD 风险相关基因的表达差异。结果令人瞠目结舌:与其他细胞相比,AD 风险相关基因主要在骨髓细胞中表达!
那么在骨髓细胞中,rs1057233 与其他基因表达之间又有怎样的关系呢?研究人员采用两种骨髓细胞——单核细胞和巨噬细胞,共计 1331 个样本,进行了深度分析。他们发现:rs1057233 与单核细胞和巨噬细胞中 SPI1 的表达下调有关,并且与另外 3 个 AD 年龄相关基因座的表达变化也有相关性。
于是,研究人员专门对 SPI1 基因座进行了深度分析。他们搜索了 AD 相关基因中 PU.1 蛋白的结合位点,结果令人难以置信:在脑部的巨噬细胞,即小胶质细胞中,有 75 个 AD 相关基因的表达,其中有 60 个基因包含了 PU.1 蛋白的结合位点!这就意味着这些基因的表达是受 PU.1 蛋白调节的。更重要的是,一些与 AD 年龄相关的基因座也包含 PU.1 蛋白的结合位点!
为了证实这一猜想,研究人员降低了小胶质细胞中 PU.1 蛋白的表达量,观察小胶质细胞的变化,测定与其功能相关的基因表达变化,并且测定了小胶质细胞中与 AD 发病相关的基因表达量。结果发现:小胶质细胞的吞噬功能减弱了,与其吞噬功能相关的基因表达下调了。更重要的是,与 AD 发病年龄相关的基因表达也下调了!这就意味着降低 PU.1 蛋白的含量,能延缓 AD 的发生。
如此看来,PU.1 蛋白真的能够调控许多 AD 相关基因的表达,这让研究人员兴奋不已。虽然 PU.1 蛋白调控的基因太多,本身不能成为治疗 AD 的靶点,但是继续研究它在小胶质细胞和 AD 发病机制中的作用,顺藤摸瓜,就很有希望在它调控的下游基因中找到 AD 治疗的关键靶点!
接下来的工作中,Goate 教授将利用 AD 小鼠模型,通过基因改造,让小鼠体内的小胶质细胞中的 SPI1 基因表达减少,并测定它对炎症、损伤反应和淀粉样蛋白沉积的影响。她还将分析 PU.1 蛋白对全基因表达的影响。相信,后续的研究将会给 AD 的防治带来更多惊喜!期待未来的某一天,AD 的预防和治愈成为现实!